Celem ochrony ekosystemów bagiennych w dolinach rzek może być zachowanie ich jako jako stref buforowych sprzyjających efektywnej poprawie jakości wód w zlewniach rolniczych poprzez ograniczanie dopływu pierwiastków biogennych do wód powierzchniowych. Roślinność przy ciekach i zbiornikach wodnych, bądź to spontaniczna, bądź to sadzona, pełni funkcję tzw. barier biogeochemicznych, skutecznie wychwytując substancje biogenne. W kształtowania krajobrazu rolniczego powinno się uwzględniać przykładowo zasady, głoszące by:

- pasma 10-15 m wokół zbiorników wodnych i naturalnych cieków oraz pasma 2-5 m wzdłuż rowów były wyłączone z użytkowania i pozostawione do spontanicznego rozwoju roślinności;
- wszystkie obszary zalewowe oraz obszary gleb torfowych były wykorzystywane pod użytki zielone, a nie pod pola orne;
- ujścia systemów drenarskich nie były odprowadzane do cieków ani zbiorników wodnych.

W wyniku spontanicznej sukcesji na wyłączonych z użytkowania pasmach wśród cieków powstają samorzutnie tzw. zbiorowiska okrajkowe. Są one skuteczne w spełnianiu roli bariery.

Adaptacja zdegradowanych ekosystemów torfowiskowych do pełnienia funkcji stref buforowych może dodatkowo przyczynić się do ograniczania emisji gazów cieplarnianych oraz ryzyka powodzi, łagodząc skutki zmian klimatu.