Jest to metoda polegająca na świadomym kształtowaniu biocenoz organizmów wodnych mająca prowadzić, przynajmniej w zamierzeniach jej autorów, do poprawy jakości środowiska wodnego. Celem głównym biomanipulacji w akwenach jest zwiększenie udziału dużych zwierzęcych filtratorów planktonowych, głównie wioślarek (Cladocera), które konsumują duże ilości fitoplanktonu, bowiem glony, jako podstawa i pierwsze ogniwo piramidy troficznej, mówiąc w pewnym uproszczeniu, są w największej mierze odpowiedzialne za skalę i tempo eutrofizacji wód jeziora. Duże organizmy wchodzące w skład zooplanktonu są z kolei w naszych warunkach podstawowym pokarmem drobnych ryb karpiowatych, których populacje w jeziorach zeutrofizowanych zazwyczaj znacznie zwiększają swą liczebność. Chodzi tu głównie o populacje drobnej płoci, leszcza, krąpia, uklei. Głównymi metodami ograniczania liczebności tych zespołów ryb jest wprowadzanie dużych ilości drapieżników, najczęściej szczupaka. Inna metoda, to systematyczne usuwanie ich z ekosystemu jeziora za pomocą intensywnych odłowów dużymi sieciami ciągnionymi. W związku z tym, że kondycja jeziora zależy od bardzo wielu czynników wewnętrznych i zewnętrznych, działania te przynoszą różne efekty. Jednakże nie ulega wątpliwości, że już wiele jezior dzięki tej metodzie zawdzięcza radykalną poprawę jakości swoich wód.

Z drugiej strony za próby wyraźnie nieudane należy uznać użycie dalekowschodnich gatunków ryb - tołpygi białej do ograniczania biomasy fitoplanktonu i amura białego do zwalczania nadmiaru roślinności naczyniowej w naszych jeziorach